Manchester City Football Clubin perustivat vuonna 1880 nimellä St. Mark's (West Gorton) kirkonvartijan tytär Anna Connell ja kaksi kirkon jäsentä St. Mark's Churchista West Gortonissa, Manchesterin teollisessa esikaupungissa [^1^]. Tiimi perustettiin tarjoamaan virkistystoimintaa paikallisille miehille vähentääkseen alueen sosiaalisia ongelmia, kuten alkoholismia ja jengiväkivaltaa [^2^].
Alkuvuosia leimasivat taloudelliset kamppailut ja epäonnistuminen kentällä. Vaihettuaan nimeään useaan otteeseen – heistä tuli ensin Ardwick Association FC vuonna 1887 Hyde Road -stadionille muuton jälkeen ja otettiin sitten käyttöön nykyinen nimimerkkinsä Manchester City FC vuonna 1894 – he alkoivat löytää jalkansa kentällä.
Liittymällä The Football Leaguen toiseksi divisioonaan vuonna 1899 [^3^], Manchester City alkoi vähitellen parantaa suorituskykyään. Vain neljällä kaudella (1902-1903) he nousivat ensimmäiseen divisioonaan voitettuaan toisen divisioonan mestaruuden, kun Billy Meredith oli yksi avainpelaajista tuolloin[^4^]. Heidän matkansa jatkui FA Cupin voitolla Bolton Wanderersia vastaan kaudella 1903-1904[^5^].