Everton Football Club perustettiin vuonna 1878 nimellä St Domingo's FC. Joukkueen perustivat alun perin New Connexion Methodist Churchin pyhäkoulun jäsenet Evertonin alueella Liverpoolissa, jotta ihmiset voivat pelata urheilua ympäri vuoden - ei vain krikettiä kesällä (lähde). Marraskuussa 1879 he nimesivät itsensä uudelleen Evertoniksi.
Alkuvuosinaan Everton osallistui paikallisiin kilpailuihin, ennen kuin hänestä tuli yksi kahdestatoista Football Leaguen perustajajäsenestä vuonna 1888. Tänä aikana heidän kotikenttänsä oli Anfield – tosiasia, joka saattaa yllättää monet, koska se on nykyään synonyymi vanhan kilpailijan Liverpoolin kanssa. FC.
Heidän ensimmäinen merkittävä menestys tuli nopeasti Liigaan liittymisen jälkeen; he saavuttivat ensimmäisen mestaruutensa kaudella 1890-91 (lähde).